H μεταφορά του επισκέπτη και η «καταβύθισή» του στον υποθαλάσσιο κόσμο και τις αρχαιότητες που βρίσκονται σε αυτόν αποτελεί την κεντρική ιδέα της πρότασης για το νέο Μουσείου Ενάλιων Αρχαιοτήτων. Ο επισκέπτης εισέρχεται στο Μουσείο και μεταφέρεται μέσω ανελκυστήρων σε ένα «υποθαλάσσιο» περιβάλλον που διαμορφώνεται με τη χρήση του υδάτινου στοιχείου, διάφανων και συμπαγών επιφανειών, φυσικού και τεχνητού φωτός.

Ο επισκέπτης ακολουθεί μια καθοδική πορεία μέσω ενός ελεύθερης μορφής κλιμακοστασίου που βρίσκεται στην καρδιά του κτηρίου. Μέσω αυτού «περιδινίζεται» στο «βυθό» του μουσείου περνώντας από τις θεματικές ενότητες που διαρθρώνονται στα διάφορα επίπεδά του.

Μέσα από την αφήγηση της ιστορίας του ίδιου του silo, ο επισκέπτης επιστρέφει στο ανώτερο επίπεδο του μουσείου όπου τοποθετούνται το πωλητήριο και το εστιατόριο.

Στη βόρεια πλευρά του κτηρίου, κατασκευάζεται ένας νέος όγκος, ακολουθώντας την λογική επέκτασης που διέπει ιστορικά το κτήριο, που σημαίνει την είσοδο του μουσείου και λειτουργεί ως ο χώρος μετάβασης από τον «επίγειο» κόσμο στο μουσειακό «βυθό». Το κτήριο των silo αντιμετωπίζεται ως μνημείο της σύγχρονης ελληνικής βιομηχανικής κληρονομιάς συνδυάζοντας τη μορφή του με τις νέες λειτουργίες.

Παράλληλα, το μουσείο λειτουργεί ως το κομβικό σημείο της νέας πολιτιστικής ακτής και θα συμβάλλει στην ανάπτυξη του εγχειρήματος προτείνοντας στο ισόγειο επίπεδο χρήσεις δημόσιου χαρακτήρα.

Ο δημόσιος περιβάλλων χώρος, σχεδιάζεται με το νέο Μουσείου Ενάλιων Αρχαιοτήτων ως τη σπονδυλική στήλη της πρότασης, που συνδυάζεται με άλλες τρεις κύριες κινήσεις που δομούν την πρόταση, ενώ παράλληλα ενσωματώνει πολιτιστικές δραστηριότητες και χώρους αναψυχής για να αναδειχθεί σε πόλο έλξης σε τοπικό και υπερτοπικό επίπεδο.

Διαμορφώνονται δύο βασικοί άξονες:

1. Από τον χώρο στάθμευσης και τη στάση του monorail προς τη θάλασσα και την είσοδο της υποθαλάσσιας σύνδεσης, περνώντας από το χώρο μεταξύ μουσείου και αποθηκών καθώς και από την pilotis του μουσείου μέσω της στοάς. Η πορεία αυτή αποτελεί τον βασικό άξονα της πρότασης και σηματοδοτείται με κατάλληλα στοιχεία φωτισμού.
2. Από την έξοδο της υποθαλάσσιας σύνδεσης προς τον χώρο τεχνικής κατάδυσης και περνώντας κάτω από τους πυλώνες αναρρόφησης προς τις ναυπηγοεπισκευαστικές δεξαμενές και περαιτέρω, μέσω των περασμάτων των στεγανών των δεξαμενών προς το μελλοντικό μουσείο μετανάστευσης.

Με βάση τις κινήσεις αυτές και τα επιθυμητά σημεία στάσης και ενδιαφέροντος, μέσω αλγορίθμου συντάχθηκε ένα διάγραμμα ψηφίδωσης Voronoi που κατακερματίζει το χώρο σε μικρότερα πολυγωνικά τμήματα. Η δομή αυτή, που απαντάται στη φύση, έρχεται σε αντίθεση με τη γραμμικότητα και την αυστηρότητα των κτηρίων του λιμένα, παραλαμβάνει ποικίλα υλικά και δημιουργεί εξάρσεις επιπέδων, εισάγοντας την τρίτη διάσταση στο προβλήτα της Ηετιώνιας Ακτής.